Сравнить можно. Эксперт сопоставляет исходный код, структуру модулей, ресурсы, тексты сообщений, характерные ошибки и поведение программ. Результат — описание того, какие части совпадают, в каком объёме и можно ли объяснить такие совпадения независимой разработкой.
Контрольные суммы файлов здесь мало помогают: две сборки одного кода обычно дают разные суммы, совпадают они только при воспроизводимой сборке. Доля совпадений сама по себе тоже не ответ — общие библиотеки могут занимать большую часть программы, и при исследовании плагиата исходного кода их исключают из подсчёта. Нарушено ли право на программу и является ли она переработкой чужой программы, решает суд.
Для сравнения нужны обе программы в спорных версиях, по возможности с исходным кодом и историей изменений, и документы, подтверждающие, откуда у вас каждая из них.