Эксперт устанавливает только технические факты: какие работы выполнены, в каком объёме, соответствуют ли они проекту и техническому заданию, какова их стоимость по правилам ценообразования и какова разница со стоимостью оплаченных работ.
Чего он не устанавливает: наличие хищения, умысла, вины конкретных лиц, ущерба бюджету как правовой категории. Эти вопросы решает орган расследования и суд по совокупности доказательств. Заключение, где разница между оплаченным и выполненным названа «ущербом» или «хищением», выходит за пределы специальных знаний — и защита обычно первым делом на это указывает, ставя под сомнение всё исследование, включая верные расчёты.
Поэтому корректная формулировка вопроса — «какова разница между стоимостью оплаченных и фактически выполненных работ», а не «причинён ли ущерб». Такое заключение и убедительнее, и устойчивее к критике. При необходимости специалист разъясняет расчётную часть в ходе допроса, не выходя за границы своей компетенции.