Партию целиком исследуют редко: часть методов разрушающие, а объём поставки нередко исчисляется тысячами единиц. Поэтому применяется выборочное исследование, и порядок отбора имеет то же значение, что и сама методика.
Образец должен быть достоверно связан с партией; отбор оформляется актом с участием сторон, с фотофиксацией и указанием мест отбора, а сами образцы упаковываются и опломбировываются.
Число и расположение точек отбора определяются характером товара и предполагаемого дефекта: случайная выборка по партии для однородной продукции, целевой отбор из зон повреждения — для транспортных дефектов. Объём выборки и приёмочное число берутся из плана контроля, установленного правилами приёмки для данного вида продукции: именно они позволяют распространить результат на партию. Целевой отбор решает другую задачу — установление механизма повреждения — и на партию его результаты не распространяются. Образцы отбираются в трёх экземплярах: для исследования, для повторного исследования и как арбитражный образец для противоположной стороны.
При судебной экспертизе порядок отбора определяет суд, и заявить об этом стоит сразу при назначении. Во внесудебном исследовании отбор целесообразно проводить с извещением второй стороны: это резко усложняет последующее оспаривание результата.