Не по всему каталогу проекта. В него входят стандартная и сторонние библиотеки, заголовочные файлы поставщиков оборудования, сгенерированный код, тесты и артефакты сборки — ничего из этого не относится к работе подрядчика в том смысле, в каком её считают в споре о деньгах.
Эксперт сначала отделяет эти слои, описывает основание для каждого исключения, и только потом измеряет остаток в файлах, строках или функциях. Именно границы исключения обычно и оспариваются, поэтому они должны быть проверяемыми.
Полученная величина — технический факт, а не сумма: строка сложного алгоритма и сотня строк однотипного описания структур несопоставимы по трудозатратам. Если спор о цене, вопрос о стоимости ставят отдельно — его решает экспертиза объёма и стоимости работ, при необходимости с участием экономиста.