Вычитанием общего основания. Совпадения между двумя проектами на C++ неизбежны и сами по себе ничего не доказывают: стандартная библиотека, сторонние библиотеки вроде Boost и Qt, заголовочные файлы поставщиков оборудования, сгенерированный код и типовые конструкции языка будут одинаковыми у независимых разработчиков.
Поэтому из сравнения сначала исключают всё перечисленное и результат автоматического форматирования, а затем сопоставляют остаток. Значимыми считают совпадения, которые общим основанием не объясняются: одинаковые опечатки и комментарии, идентичные имена служебных величин, повторяющаяся структура нестандартных решений.
Каждое такое совпадение проверяется вручную, а не принимается по проценту сходства, выданному инструментом. Подробно эта задача разобрана на странице экспертизы плагиата исходного кода.