В файлах настроек .NET почти всегда лежат строки подключения к базе с паролем, ключи внешних сервисов и учётные данные служебных записей. Вычищать их из копии нельзя: это изменит объект исследования.
Порядок другой: материалы передают как есть, по защищённому каналу и ограниченному кругу лиц, а всё, что открывает доступ, после передачи меняют — пароль к базе, ключи сервисов, ключ подписи сборок, пароли служебных учётных записей. Прежние значения остаются в архиве как часть объекта, но перестают что-либо открывать.
Соглашение о конфиденциальности связывает эксперта, но не участников дела: материалы, поступившие в суд, доступны сторонам, и закрытое заседание этого не меняет — оно закрывает зал от посторонних, а не дело от оппонента. Если раскрытие для вас неприемлемо, обсудите с юристом другие пути: ограничить объём передаваемого вопросами и просить об исследовании на вашей территории, без вывоза носителей.