Вопрос работает, когда в нём назван объект и назван проверяемый критерий. Объект здесь — конкретный архив с контрольной суммой либо конкретный набор собранных файлов с указанием происхождения; критерий — пункт технического задания или иной документ.
Полезно ставить вопросы раздельно: отдельно о том, является ли переданное исходным текстом спорной программы, отдельно о соответствии заданию, отдельно о применении обфускации, отдельно о причине отказа. И стоит предусмотреть ответ «на представленных материалах не проверяется».
Формулировки вроде «качественно ли выполнены работы» непроверяемы, а просить эксперта оценить достаточность доказательств нельзя — это функция суда. При судебной экспертизе окончательный круг вопросов определяет суд; помощь с формулировками возможна до назначения.