Основной комплект: полная копия каталога сайта вместе со скрытыми файлами и файлами настроек, выгрузка базы данных, описание зависимостей и файл блокировки версий. Без базы исследование неполно — на коробочных системах значительная часть логики и содержимого хранится именно в ней.
К этому добавляют сведения об окружении: версию языка, список включённых расширений, версию и настройки веб-сервера. Дальше — журналы веб-сервера, FTP и панели управления за спорный период, журналы ошибок, резервные копии до начала спора, репозиторий с полной историей, если он вёлся.
Из документов нужны техническое задание с приложениями, договор, акты, переписка сторон и лицензии на коробочную систему и платные модули. Чего не хватает — скажем после первичного разбора; часть недостающего запрашивают через суд.