Различий четыре, и каждое имеет практическое значение.
Предмет. Аудит проверяет отчётность в целом и завершается мнением о её достоверности. Экспертиза отвечает на поставленные вопросы — обычно по отдельным статьям и операциям, значимым для спора.
Полнота. Аудит по своей природе выборочен: объём процедур определяется уровнем существенности и оценкой рисков. По спорным статьям экспертиза проводится сплошным порядком.
Статус. Заключение эксперта — процессуальный документ, эксперт предупреждается об ответственности и отвечает на вопросы суда. Аудиторское заключение таким статусом не обладает.
Адресат. Аудит выполняется для широкого круга пользователей отчётности, экспертиза — для конкретного спора и конкретной величины.
Отсюда вывод, который многих удивляет: аудиторское заключение без оговорок не мешает установить искажение конкретной статьи. Уровень существенности в аудите нередко выше суммы, о которой идёт спор, и такое искажение аудитор мог не рассматривать вовсе.