Отсутствие первичных документов — само по себе результат исследования, а не препятствие к нему. Операция, не подтверждённая документами, не может считаться достоверно отражённой, и это фиксируется прямо, с указанием суммы неподтверждённых записей.
Многое проверяется и без первички. Выписки по расчётным счетам показывают фактическое движение средств; отчётность и данные контрагентов дают встречную картину; материалы налоговых проверок — результаты уже проведённого контроля; складские и производственные документы — движение материальных ценностей; сведения из открытых реестров — состояние контрагентов, числящихся дебиторами.
Особенно результативна встречная проверка: если дебитор ликвидирован задолго до отчётной даты либо никогда не подтверждал задолженность, вывод делается без первичных документов должника.
Ограничения указываются в заключении прямо. Вывод на неполных данных остаётся обоснованным, если ясно, какие источники использованы и какие допущения приняты; заключение, умалчивающее о пробелах, разваливается при первой проверке.