Основа — бухгалтерская отчётность за спорные периоды с приложениями и пояснениями. Представлять нужно все редакции, включая уточнённые: расхождения между первоначальной и уточнённой отчётностью сами по себе информативны.
Далее — регистры учёта: оборотно-сальдовые ведомости, карточки и анализ счетов, главная книга. Без них проверить первое звено цепочки невозможно.
Обязательна учётная политика за каждый период: от неё зависит, является ли отклонение ошибкой или допустимым выбором способа учёта.
По исследуемым статьям нужны первичные документы, расшифровки, результаты инвентаризаций, акты сверок с контрагентами. Полезны выписки по расчётным счетам за период, аудиторские заключения и материалы аудита, материалы налоговых проверок.
Если часть документов недоступна, скажите об этом сразу: значительная часть проверок выполняется по выпискам, встречным данным контрагентов и открытым источникам, а неподтверждённые записи фиксируются как самостоятельный результат.