Почерковедческий ставьте первым — и всё равно дописывайте отдельную оговорку о последовательности. Нумерация эксперта не связывает: обязательной силы у неё нет, и распределения работы она формально не задаёт. Но фактическим переключателем она работает: когда отдельной фразы в определении не оказалось, за исследование обычно принимаются с того вопроса, что записан выше. А спорят о дате — её и записывают выше. Одной перестановки поэтому мало, а вместе с оговоркой хватает.
Пишут оговорку примерно так: «почерковедческое исследование подписи выполнить до того, как из её штрихов будут отобраны пробы». Одной строки достаточно, чтобы эксперт увидел ограничение и не начал с разрушающей части. Повторить её полезно и в той части ходатайства, где вы просите разрешить частичное повреждение документа: там она читается уже как условие разрешения, а не как пожелание стороны.
Если определение вынесено без такой оговорки, положение ещё можно поправить — ходатайством о её внесении. Подавать его имеет смысл до того, как материалы поступили эксперту: после получения заключения оговаривать очерёдность поздно.