Организации, ведущие регулируемую деятельность, обязаны вести раздельный учёт доходов и расходов по её видам. Если учёт вёлся корректно, распределение затрат подтверждается регистрами, и спорить об этом сложно.
Если раздельного учёта не было или он вёлся формально, затраты распределяются расчётным способом, и база распределения становится главным предметом спора. Обоснованные базы — объём оказанных услуг, протяжённость сетей, численность занятого персонала, площадь используемых объектов; выбор зависит от характера затрат и должен быть последовательным.
Именно здесь чаще всего и находится расхождение в сотни процентов: организация распределила общехозяйственные расходы одной базой, регулятор — другой, и обе выглядят правдоподобно. Спор об одной методической позиции при этом решает больше, чем разбор десятков статей.
Практический совет: закрепите базу распределения в учётной политике и не меняйте её. Смена базы в спорном периоде — самый заметный признак подгонки, и объяснять его придётся.