Зачёт аванса эксперт не производит — это правовое действие. Его задача дать сопоставимую цифру: стоимость фактически выполненных работ на дату прекращения договора.
Чтобы результат был пригоден для расчёта, вопросы формулируют так, чтобы получить величины раздельно: стоимость выполненного, стоимость устранения недостатков, стоимость материалов на объекте. Тогда сопоставить их с суммой аванса можно любым способом, который сочтёт правильным суд.
Практическая деталь: платёжные документы нужно представить полностью. Авансы нередко перечислялись частями, в том числе за материалы, и без полной картины платежей эксперту трудно правильно соотнести расчёт с условиями договора.
Обратная ситуация встречается не реже: подрядчик выполнил больше полученного аванса и требует доплаты. Метод исследования тот же — меняется только сторона, которой выгоден результат, а на порядок работы эксперта это не влияет.