Не поздно, но точность вывода уже снижена, и снижается дальше с каждым днём работ. Обследование стоит заказать немедленно — состояние на сегодняшний день само по себе является фиксацией, ограничивающей объём спорного.
Что ещё возможно: разграничить работы по документам обоих подрядчиков, по технологическим признакам на открытых конструкциях, по накладным на материалы. Многое зависит от того, насколько далеко продвинулся новый исполнитель.
Что уже утрачено: проверка скрытых работ на закрытых участках. Если стяжка залита поверх спорной гидроизоляции, ответить о её наличии можно только вскрытием, и результат будет относиться к конструкции в целом, а не к работе конкретного подрядчика.
Немедленные действия, которые стоит выполнить самостоятельно: сплошная фотофиксация текущего состояния с датой, письменное обращение к новому подрядчику и заказчику о приостановке работ на спорных участках, запрос копий исполнительной документации. Даже при отказе сам факт обращения фиксирует момент.