Учитываются, но по-разному, и в этом обычно и состоит основное расхождение сторон.
Работы с устранимыми недостатками включаются в объём выполненного, а стоимость их устранения определяется отдельной суммой. Дальнейшее сопоставление — предмет расчётов сторон и оценки суда, но обе цифры в заключении присутствуют, и это позволяет считать любым способом.
Работы с неустранимыми недостатками, а также подлежащие полному демонтажу и переделке, потребительской ценности не имеют и в стоимость выполненного не включаются. Здесь дополнительно определяется стоимость демонтажа: убрать негодное — это тоже расходы, и они возникают у заказчика.
Отдельный вывод — пригодность результата к продолжению строительства. Встречается ситуация, когда выполненное формально соответствует смете, но конструктивно не позволяет вести работы дальше без переделки. Такой вывод меняет весь расчёт, поэтому соответствующий вопрос стоит ставить прямо.