На взлете самолет не смог подняться на должную высоту, в результате чего задел светосигнальные огни, радиомаяк и деревья, после чего упал неподалеку от аэродрома, на берег реки Туношны. Произошло воспламенение, после чего шансов на выживание у пассажиров и команды не сохранилось. Из всех лиц, находящихся на борту, чудом выжил только Александр Сизов - один из бортмехаников.Следственная группа завершила восстановление истинной картины авиакатастрофы. Вина за произошедшую авиакатастрофу легла на Вадима Тимофеева, бывшего замдиректора организации "Як- Сервис".
Проведенная инженерно-техническая экспертиза разбившегося самолета подтвердила полную техническую исправность летательного аппарата. Неустранённых поломок, заводских дефектов и других неисправностей выявлено не было.
Следственная группа определила несколько причин случившегося. Прежде всего были обнаружены грубые ошибки работы членов экипажа. Помимо этого, сотрудники организации "Як-Сервис", эксплуатировавшей разбившийся летательный аппарат, совершили серьезнейшие нарушения предписанных правил эксплуатации воздушного судна при оформлении допуска пилотов к тому полету.
Вадим Тимофеев, которому было предъявлено обвинение, контролировал процесс допуска экипажа к совершению рейса. Он нес ответственность за выполнение работ по организации рейсов. Кроме того, он осуществлял контроль квалификационного уровня пилотов, отвечал за повышение профессиональной компетенции пилотов, за организацию квалификационных тестов и профессиональных тренировок летного состава.
После того, как были тщательно проанализированы все известные следственной группе материалы, свидетельства и факты, было установлено, что экипаж, допущенный именно Вадимом Тимофеевым к управлению воздушным судном, вообще не имел права осуществлять самостоятельные полеты, так как члены экипажа на тот момент еще не закончили прохождение учебной программы для управления самолетом "Як-42". А командир экипажа и вовсе был допущен к полетам по фальшивым документам.
Обвиняемый Вадим Тимофеев неоднократно был уличен в несоблюдении предписанных правил безопасности и халатном отношении к своим должностным обязанностям. В частности, он неоднократно допускал к управлению воздушным судном членов экипажей, не окончивших программу обучения, не контролировал процесс профессионального обучения и переобучения пилотов, постоянно отзывал пилотов с обучающих мероприятий.
Следственная группа также установила, что погибший в результате авиакатастрофы командир экипажа и до того трагического полета совершал серьезные ошибки во время управления летательными аппаратами. Однако, по свидетельству СКР, Вадим Тимофеев игнорировал сообщения об ошибках, не изучал информацию, зафиксированную бортовыми самописцами и не принимал никаких действий для решения данной проблемы.
Межгосударственный авиационный комитет заявил, что организация ЗАО " Як-Сервис" в реальности была лишь формальным юридическим лицом, в работе которого организация безопасности полетов отсутствовала как класс. Самолет не сумел набрать необходимую скорость, которая позволила бы ему взлететь. Экипаж, находясь в явно нештатной ситуации, не принял решения об остановке и возвращении на аэродром, что послужило причиной катастрофы и гибели 44 человек.