Спор касался биологического родства по заявленной линии наследования. Требовалось проверить, согласуются ли генетические признаки в образцах буккального эпителия с этой версией. Для суда рассчитывали вероятность заявленного родства по профилям X-хромосомы. Расчёт строили на сравнении наследуемых вариантов в выбранных локусах — определённых участках хромосомы. Так проверяли генетическую совместимость заявленной схемы наследования.
Судебную генетическую экспертизу выполняли эксперты биологического, биохимического и лабораторно-генетического профилей. Часть биоматериала они отобрали в лаборатории, для другой части выехали по месту отбора в Москве. Процедуру оформляли протоколами, а происхождение проб связывали с сопроводительными материалами дела. Лабораторные этапы эксперты проводили на отдельных приборах, предусмотренных для выделения, копирования и разделения ДНК.
Сначала эксперты выделяли хромосомную ДНК из клеток внутренней поверхности щеки. Затем они измеряли её концентрацию, многократно копировали выбранные участки и разделяли полученные фрагменты по длине. Каждый этап сопровождали контрольными препаратами. Для сопоставления эксперты переводили сигналы приборов в аллельные профили — наборы вариантов генетических маркеров. Лабораторную работу разделили на последовательные операции:
- Выделение ДНК — обработка буккального эпителия реагентом COrDIS Sprint в термостате «Гном».
- Количественная оценка — полимеразная цепная реакция в реальном времени на анализаторе «АНК-32».
- Амплификация — копирование участков X-хромосомы панелью Investigator Argus X-12 QS Kit на приборе T100 Thermal Cycler.
- Капиллярный электрофорез — разделение продуктов реакции на анализаторе ABI Prism 3130xl Genetic Analyzer.
- Статистическое сопоставление — сравнение аллельных профилей по 12 STR-маркерам и локусу амелогенина.
Типирование проводили по Методическим указаниям № 98/253 «Использование индивидуализирующих систем на основе полиморфизма длины амплифицированных фрагментов (ПДАФ) ДНК в судебно-медицинской экспертизе идентификации личности и установления родства» (утверждены Минздравом РФ 19.01.1999). Этот источник определял подход к индивидуализирующим системам ДНК. Эксперты сопоставляли комбинации аллелей с правилами наследования X-хромосомы, а вероятностный показатель рассчитывали по частотам встречаемости генетических вариантов.